Původce infekcí shrnujeme pod jednotným označením patogenní mikroorganismy. Patogenita znamená schopnost vyvolat onemocnění – tedy proniknout do těla hostitele, přežít v něm a poškozovat jej.
Řadíme mezi ně bakterie, viry, mikroskopické houby (plísně) a složitější organismy, které nazýváme parazity. Největší pozornost je zaměřena na viry a bakterie. Právě ty představují nejčastější původce cestovních nemocí, a právě proti nim je cíleno očkování.
Jedná se o všudypřítomné (kosmopolitní) organismy – vyskytují se všude, od horkých sirných pramenů až po arktické ledové pláně. Jsou proto nesmírně rozmanité. Tělo bakterií tvoří jediná buňka, která se však velmi liší od buňky lidské. Je daleko jednodušší, obsahuje méně organel (buněčných orgánů) a je i mnohem menší – zatímco například lidská jaterní buňka je krychle o straně délky 20 mikrometrů, bakterie obvykle měří kolem 2 mikrometrů. Existují však samozřejmě i výjimky z pravidla. Bakterie mají nejčastěji tvar koule (koky) nebo válce (tyčinky) a existují samostatně či ve shlucích. U mnoha z nich najdeme různé speciální znaky: bičíky („ocásky“), vnější obaly a podobně, které bakteriím slouží k ochraně a pohybu.
Vlastnost bakterie, která popisuje její schopnost ubližovat, označujeme toxicita. Bakterie nás mohou poškozovat:
Viry jsou nebuněčné organismy – jejich tělo je tak jednoduché a plní tak omezené funkce, že jej nemůžeme označit za buňku. Viry nerostou, nedělí se, nemají metabolismus. Jediné, co je spojuje s živými organismy, je přítomnost genetické informace. Aby se však částice viru (virion) mohla rozmnožit, musí tuto svou informaci „podstrčit“ hostitelské buňce. Ta s ní potom nakládá jako se svou vlastní a vytváří nové viriony.
Částice viru je velká zhruba od 20 do 300 nanometrů. Kromě molekuly nesoucí genetickou informaci (nukleové kyseliny, DNA nebo RNA) je tvořena jen jednoduchým proteinovým obalem (kapsidou) a případně dalšími povrchovými vrstvami, které získává při opouštění hostitelské buňky.
Vstupní bránou viru je v drtivé většině případů sliznice, kde také dochází k prvnímu pomnožení a projevu příznaků (infekce dýchacích cest, zánět spojivek, střevní obtíže apod.). Tyto příznaky jsou mnohdy nezávažné. Když je virus dostatečně invazivní, proniká hlouběji a šíří se krevní cestou do dalších orgánů, kde pak vyvolává typické závažné příznaky onemocnění. Existují však i výjimky, např. virus vztekliny se z rány šíří podél nervů rovnou do mozku a míchy.